臺北醫學大學醫學工程學院將以醫學及科學為基礎，將工程技術與臨床醫學整合，發展生醫材料、醫療器材、組織再生、奈米科技及光機電技術，以運用於醫學診斷，疾病治療，健康促進及生活品質提升。
強調實務操作，培養醫工技術專業人才之臨床工程師、醫療設備技術師、醫學工程師及生醫工程研發人才，以達到學識在腦、技術在身，創新創業思維之醫工人才。
北醫大醫工學院將以教學研究國際合作、轉譯臨床醫學運用、生醫工程技術移轉、生技產業創新創業為目標，以建立生醫工程之優質教學、頂尖研究及產業人才。